什么是凝胶电泳？
凝胶电泳系统利用多孔带电凝胶基质，根据分子量（或片段大小）分离不同的核酸和蛋白质序列。凝胶盒设计为在介质的一端包括阴极或带负电的电极，在另一端包括阳极或带正电的电极。
电泳协议
凝胶盒中充满了离子缓冲液，当阴极和阳极接通电源时，离子缓冲液就会产生电场。作为蛋白质，DNA和RNA分子带有固有的负电荷;碎片通过凝胶介质向阳极移动。迁移速度与碎片的大小有关;小分子在多孔凝胶中的移动速度要比大分子、慢分子快。一旦完成，凝胶运行就会产生按分子量分离的独特核酸或蛋白质条带。与阳性对照阶梯进行比较，从凝胶中提取适当的片段进行进一步纯化。
A -电泳凝胶配置
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A1 -电泳系统
水平电泳凝胶水平定向铸型主要用于琼脂糖基质内的核酸分离。由于琼脂糖凝胶的孔比聚丙烯酰胺凝胶的孔大，DNA和RNA分子比蛋白质分子大，更适合在琼脂糖中有效迁移。由于水平体系将凝胶基质暴露在大气中的氧气中，琼脂糖被选为比聚丙烯酰胺更好的介质，聚丙烯酰胺在氧气存在下不会聚合。
联机查看：赛莫费雪凝胶水平电泳
A2-垂直电泳系统
垂直电泳凝胶垂直方向铸造主要用于丙烯酰胺基质内的蛋白质分离。由于丙烯酰胺孔的直径比琼脂糖孔小，丙烯酰胺凝胶产生比核酸片段小的更高分辨率和更大的蛋白质分离。由于垂直系统需要较薄（小于2 mm）的凝胶，丙烯酰胺是琼脂糖的最佳选择，琼脂糖含有较大的凝胶孔，可抑制片段通过较薄基质的迁移。了解更多有关水平VS垂直凝胶电泳系统之间的差异。
联机查看：水平DNA和蛋白质电泳系统-IBI科学
B - 电泳凝胶基质
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B1 - 用于DNA电泳的琼脂糖凝胶
琼脂糖凝胶比丙烯酰胺凝胶含有更大(100到500 nm)和更不均匀的孔，这使得琼脂糖是核酸分离的最佳选择，而核酸分离涉及的片段比蛋白质分离的更大。琼脂糖凝胶在水平运行过程中实现了更好的碎片分离，设计用于适应比垂直运行更厚(大于2毫米)的凝胶。
在线比较：琼脂糖电泳凝胶
B2-丙烯酰胺电泳凝胶
丙烯酰胺凝胶比琼脂糖凝胶含有更小（10至200 nm）和更均匀的孔，使丙烯酰胺最适合于蛋白质分离，这涉及的分子比DNA和RNA分离更小。丙烯酰胺凝胶在垂直运行期间产生更清晰的碎片分离，其设计要求比水平运行更薄（小于2 mm）的凝胶。丙烯酰胺在大气氧气存在下不会聚合或硬化，使丙烯酰胺与水平凝胶盒不相容，使凝胶基质暴露于氧气中。
在线比较：聚丙烯酰胺凝胶
C - 电泳样品类型和分辨率
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C1-核酸电泳
为了获得更高的分辨率和分离清晰度，水平定向琼脂糖凝胶是DNA和RNA分子的最佳选择。由于水平凝胶利用连续缓冲系统，因此在分离过程中可以获得核酸片段。
C2-血清蛋白电泳蛋白
对于更高的分辨率，垂直方向的丙烯酰胺凝胶最适合蛋白质分子分离。由于垂直凝胶使用不连续缓冲系统，缓冲液只能在从顶部到底部的腔室移动时流过凝胶，从而可以更精确地控制电压梯度。电压梯度的优化可以获得更高的分离清晰度，这对于线性蛋白链来说是理想的，因为它们可能具有相似的分子量。
E - 电泳缓冲容量
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用于制备和运行凝胶的缓冲液的体积和浓度取决于应用和样品类型。两种常用的缓冲液配方是三醋酸EDTA（TAE）和三硼酸EDTA（TBE）。TAE缓冲液可以更快地迁移线性DNA，更好地解析超螺旋DNA或基因组DNA。TBE缓冲液最适合分离较长的DNA片段（大于2 kb）。
F-电泳凝胶尺寸
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最佳凝胶盒尺寸取决于样品类型、缓冲容量和电压水平。较小的凝胶盒最适合分离短的线性DNA片段，而较大的凝胶盒最适合分离较长的DNA片段（大于2 kb）。
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