什么是凝胶电泳?
凝胶电泳系统利用多孔带电凝胶基质，根据分子量（或片段大小）分离不同的核酸和蛋白质序列。凝胶盒设计为在介质的一端包括阴极或带负电的电极，在另一端包括阳极或带正电的电极。
电泳方案
凝胶盒填充有离子缓冲器，当阴极和阳极连接到电力时，产生电场。作为蛋白质，DNA和RNA分子携带固有的负电荷;片段通过凝胶介质朝向阳极迁移。迁移速度与片段的大小相关;较小的分子将通过多孔凝胶更快地移动比较大的较慢的分子更快。一旦完成，凝胶将导致通过分子量分离的独特核酸或蛋白质的独特条带。与用于参考的阳性对照梯相比，从凝胶中切除适当的片段以进一步纯化。
a - 电泳凝胶配置
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A1 - 电泳系统
水平电泳凝胶以水平凝胶取向施放主要用于琼脂糖基质内的核酸分离。由于琼脂糖凝胶内的孔大于聚丙烯酰胺凝胶内的孔，因此比蛋白质分子大的DNA和RNA分子更适合通过琼脂糖有效地迁移。由于水平系统将凝胶基质暴露于大气氧气，因此选择琼脂糖作为聚丙烯酰胺上的优选培养基，其在O 2气体存在下不聚合。
A2 - 立式电泳系统
垂直电泳凝胶以垂直取向施放主要用于丙烯酰胺基质中的蛋白质分离。由于丙烯酰胺孔的直径小于琼脂糖孔，丙烯酰胺凝胶产生较高的分辨率和更大的蛋白质分离，蛋白质小于核酸片段。由于垂直系统需要更薄的（小于2mm）凝胶，因此丙烯酰胺是对琼脂糖的最佳选择，其含有较大的凝胶孔，其通过较薄的矩阵抑制片段迁移。了解更多信息水平VS垂直凝胶电泳系统之间的差异。
在线观看:水平DNA和蛋白质电泳系统-IBI科学
B - 电泳凝胶基质
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B1 -琼脂糖凝胶DNA电泳
琼脂糖凝胶含有比丙烯酰胺凝胶更大（100至500nm）和更少于均匀的孔，使核酸分离的琼脂糖最佳，这涉及比蛋白质分离更大的碎片。琼脂糖凝胶在水平延流期间达到更好的片段分离，设计成容纳比垂直延伸更厚（大于2毫米）的凝胶。
在线比较：琼脂糖电泳凝胶
B2 -丙烯酰胺电泳凝胶
丙烯酰胺凝胶比琼脂糖凝胶含有更小（10至200 nm）和更均匀的孔，使丙烯酰胺最适合于蛋白质分离，这涉及的分子比DNA和RNA分离更小。丙烯酰胺凝胶在垂直运行期间产生更清晰的碎片分离，其设计要求比水平运行更薄（小于2 mm）的凝胶。丙烯酰胺在大气氧气存在下不会聚合或硬化，使丙烯酰胺与水平凝胶盒不相容，使凝胶基质暴露于氧气中。
在线比较：聚丙烯酰胺凝胶
C - 电泳样品类型和分辨率
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C1 -核酸电泳
为了获得更高的分辨率和分离清晰度，水平定向琼脂糖凝胶是DNA和RNA分子的最佳选择。由于水平凝胶利用连续缓冲系统，因此在分离过程中可以获得核酸片段。
C2 - 血清蛋白电泳蛋白
对于更高的分辨率，垂直导向的丙烯酰胺凝胶最适合蛋白质分子分离。当垂直凝胶利用不连续的缓冲系统时，缓冲器只能在从顶部移动到底部腔室时流过凝胶，允许更精确地控制电压梯度。电压梯度的优化产生较高的分离透明度，适用于线性蛋白股线，其可以证明类似的分子量。
D -电压
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D1 - 120伏电泳系统
120伏连接适用于美国的低压标准住宅电源插座。
D2-240伏电泳系统
比设备在120V下工作的设备，240伏连接需要较少的电流（电流）和较小的导体。
E - 电泳缓冲容量
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用于制备和运行凝胶的缓冲液的体积和浓度取决于应用和样品类型。两种常用的缓冲液配方是三醋酸EDTA（TAE）和三硼酸EDTA（TBE）。TAE缓冲液可以更快地迁移线性DNA，更好地解析超螺旋DNA或基因组DNA。TBE缓冲液最适合分离较长的DNA片段（大于2 kb）。
F-电泳凝胶尺寸
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最佳凝胶盒尺寸取决于样品类型、缓冲容量和电压水平。较小的凝胶盒是分离短的线性DNA片段的理想选择，而较大的凝胶盒是分离较长的DNA片段(大于2 kb)的最佳选择。
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